Сложность настройки инфраструктуры и процессов автоматизации. Требуется значительное время и опыт для интеграции различных инструментов (системы контроля версий, сборщики, тестовые фреймворки, инструменты развёртывания), обеспечения их стабильной работы и поддержки в актуальном состоянии, особенно в сложных проектах. Неправильная реализация может привести к нестабильности процессов, ложноотрицательным или ложноположительным результатам тестов и задержкам в релизном цикле.