Каким образом можно организовать массив numpy для хранения координат точек в пространстве по системе XYZ, где каждая тройка чисел соответствует одной точке?

Для хранения координат точек в пространстве XYZ в numpy обычно используют двумерный массив с формой (N, 3), где N — количество точек, а 3 — координаты X, Y и Z каждой точки.

Пример создания такого массива:

import numpy as np

# Создаем массив из 5 точек
points = np.array([
    [1.0, 2.0, 3.0],
    [4.0, 5.0, 6.0],
    [7.0, 8.0, 9.0],
    [10.0, 11.0, 12.0],
    [13.0, 14.0, 15.0]
])

print(points.shape)  # (5, 3)
print(points[0])     # [1.0, 2.0, 3.0] - первая точка

Такой формат удобен для векторных операций, фильтрации и передачи данных в графические или вычислительные функции.