В Doctrine2 отношение "has many through" реализуется через явное создание промежуточной сущности (join entity), которая связывает две другие сущности отношениями Many-to-One.
Создается три класса сущностей: Источниковая, Целевая и Промежуточная (JoinEntity).
Промежуточная сущность (например, UserGroup для "User has many Group through UserGroup") содержит два поля, которые являются отношениями Many-to-One к Источниковой (User) и Целевой (Group) сущностям.
Источниковая и Целевая сущности имеют отношение One-to-Many к Промежуточной сущности.
Для удобства доступа к Целевым сущностям через Источниковую (например, получить все Group для User), можно добавить метод в Источниковую сущность, который будет фильтровать Промежуточные сущности.
Пример структуры:
php
php
php
Этот подход, хотя и требует создания дополнительной сущности, дает полный контроль над данными связей и позволяет легко добавлять дополнительные поля в промежуточную таблицу (например, дата присоединения пользователя к группе).