Что такое SMILES и SELFIES представления молекул?

SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) и SELFIES (Self-Referencing Embedded Strings) — это текстовые форматы для представления молекул, широко используемые в химии и биоинформатике.

• SMILES — компактная строковая нотация, описывающая структуру молекулы через последовательность символов, отражающих атомы, связи и циклы. Пример: бензол — c1ccccc1. SMILES удобен для хранения и передачи молекул, но может быть синтаксически чувствителен и не всегда однозначен.

• SELFIES — более новая и устойчиво корректная нотация, разработанная для машинного обучения и генерации молекул. SELFIES гарантирует, что любая сгенерированная строка будет валидной молекулой, что важно для генеративных моделей. Это достигается за счет формального грамматического описания.

В медицине и биологии эти форматы помогают моделировать, анализировать и генерировать химические соединения для разработки лекарств и изучения биомолекул.