Чтобы избежать переполнения памяти при работе с Persistence Context или EntityManager в JPA/Hibernate, нужно управлять жизненным циклом сущностей и очищать контекст:

Используйте EntityManager.clear() или EntityManager.detach(entity), чтобы удалить ненужные объекты из контекста и освободить память.
Для больших объемов данных обрабатывайте их пакетами (batch processing), после каждой партии очищая Persistence Context.
В транзакциях избегайте длительного удержания Persistence Context с большим количеством сущностей.
При использовании Hibernate можно настроить batch size и отключить автоматическое кэширование, если это необходимо.

Пример очистки контекста при пакетной обработке:

for (int i = 0; i < entities.size(); i++) {
    entityManager.persist(entities.get(i));
    if (i % batchSize == 0) {
        entityManager.flush();
        entityManager.clear();
    }
}
entityManager.flush();
entityManager.clear();

Такой подход помогает контролировать использование памяти и предотвращает утечки.

Как работать с Persistence Context или EntityManager, чтобы не забивалась память?