Может ли случиться ситуация, когда контроллер отсутствует в контексте?

Да, может.

Причинами могут быть:

1. Отсутствие аннотации @Controller или @RestController. Spring не сканирует классы без соответствующей аннотации.
2. Неправильная настройка сканирования пакетов. Если пакет, в котором находится контроллер, не включен в список для сканирования (например, в @ComponentScan или XML-конфигурации), Spring его не найдет.
3. Ошибки при старте контекста. Если во время инициализации контекста происходят ошибки, некоторые компоненты, включая контроллеры, могут не добавиться.
4. Использование @Conditional аннотаций, которые запрещают создание бина контроллера на основе определенных условий.
5. Проблемы с зависимостями контроллера. Если контроллер зависит от бина, который не может быть создан или обнаружен, Spring может не создать и сам контроллер.

Пример некорректной конфигурации сканирования пакетов:

// В этом случае контроллер в пакете com.example.controllers будет проигнорирован
@Configuration
@ComponentScan(basePackages = "com.example.services")
public class AppConfig {
    // ...
}