В Spring-приложениях, если используется JPA (например, с Hibernate), автоматически создаваемые SQL-запросы можно модифицировать несколькими способами:

Использование аннотаций в сущностях — например, @Table, @Column, @JoinColumn позволяют влиять на структуру запросов.
Настройка Hibernate через свойства — можно изменить диалект, включить логирование SQL, настроить кэширование.
Использование EntityManager и Criteria API — для построения запросов программно с нужными условиями.
Переопределение методов репозиториев — написать собственные JPQL или нативные запросы с помощью @Query.
Использование Hibernate Interceptor или EventListener — для перехвата и модификации SQL на уровне сессии.
Использование JpaSpecificationExecutor — для динамического построения запросов.

Пример использования @Query для кастомного запроса:

public interface UserRepository extends JpaRepository<User, Long> {
    @Query("SELECT u FROM User u WHERE u.status = ?1")
    List<User> findByStatus(String status);
}

Если нужно изменить сам SQL, генерируемый Hibernate, можно использовать hibernate.session_factory.interceptor или написать собственный Dialect.

Таким образом, модификация автоматически создаваемого SQL в Spring-приложении достигается через аннотации, кастомные запросы, API Criteria, а при необходимости — через расширение функционала Hibernate.

Каким образом можно модифицировать автоматически создаваемый SQL-запрос в рамках Spring-приложения?