Заменяет ли использование FileOutputStream существующие данные в файле при записи?

Да, при использовании конструктора FileOutputStream без дополнительных параметров файл открывается для записи с перезаписью, то есть существующие данные в файле будут заменены новыми.

Пример:

try (FileOutputStream fos = new FileOutputStream("file.txt")) {
    String data = "Новые данные";
    fos.write(data.getBytes());
}

Если нужно дописывать данные в конец файла, следует использовать конструктор с параметром append:

FileOutputStream fos = new FileOutputStream("file.txt", true); // true — для добавления

Таким образом, по умолчанию происходит замена содержимого файла.