Каким образом происходит передача переменных в функции: по значению или по ссылке?

В Java передача параметров в методы происходит только по значению. Это означает, что при вызове метода копируется значение аргумента и передается в параметр функции.

Для примитивных типов (int, boolean и т.д.) копируется само значение.

Для объектов копируется значение ссылки на объект, то есть копируется указатель, но не сам объект. Поэтому внутри метода можно изменить состояние объекта, на который ссылается параметр, но нельзя изменить саму ссылку, чтобы она указывала на другой объект вне метода.

Пример:

public void modifyList(List<String> list) {
    list.add("new item"); // изменяет объект
    list = new ArrayList<>(); // меняет локальную копию ссылки, не влияет на оригинал
}