¿Se asigna por referencia o por valor?

Por valor predeterminado. Por enlace al usar el operador &.

<?php
$a = 5;
$b = $a; // asignación por valor, $b = 5
$a = 10; // $b sigue siendo 5

$c = 5;
$d = &$c; // asignación por referencia, $d referencia a $c
$c = 10; // $d también se vuelve 10
?>