¿Se pueden omitir algunos componentes de la aplicación en el archivo Manifest?

Sí, es posible.

Algunos componentes se pueden crear dinámicamente en el código y no registrarse explícitamente en AndroidManifest.xml:

• Broadcast Receivers: Pueden registrarse dinámicamente usando Context.registerReceiver().
• Content Providers: Normalmente se registran en el manifiesto, pero en casos raros se puede crear una instancia programáticamente y usarla, aunque no es una práctica estándar para proveedores públicos.
• Services: La registración en el manifiesto es obligatoria para vincularse al ciclo de vida del sistema.
• Activities: La registración en el manifiesto es obligatoria para que el sistema las inicie.

Ejemplo de registro dinámico de Broadcast Receiver:

// Registro dinámico de Broadcast Receiver
IntentFilter filter = new IntentFilter(ConnectivityManager.CONNECTIVITY_ACTION);
MyConnectivityReceiver receiver = new MyConnectivityReceiver();
registerReceiver(receiver, filter);

// No olvides cancelar el registro, por ejemplo, en OnPause() o OnDestroy()
// unregisterReceiver(receiver);