Se atribuie prin referință sau prin valoare?

Valoare implicită. Prin referință la utilizarea operatorului &.

<?php
$a = 5;
$b = $a; // atribuție după valoare, $b = 5
$a = 10; // $b rămâne 5

$c = 5;
$d = &$c; // atribuție prin referință, $d face referire la $c
$c = 10; // și $d devine 10
?>