Atribui-se por referência ou por valor?

Por valor padrão. Por ligação ao usar o operador &.

<?php
$a = 5;
$b = $a; // atribuição por valor, $b = 5
$a = 10; // $b permanece 5

$c = 5;
$d = &$c; // atribuição por referência, $d referencia a $c
$c = 10; // $d também se torna 10
?>