Que alterações precisam de ser feitas nas restrições antes de chamar o layout?

As alterações nas constraints devem ser feitas antes de chamar layoutIfNeeded() ou antes de terminar o ciclo de atualização, no qual o sistema chamará automaticamente layout. A forma mais comum é dentro do método updateConstraints() de um UIView personalizado ou UIViewController.updateViewConstraints().

Exemplo de alteração de constraints em updateConstraints():

override func updateConstraints() {
    // Verifica se a constraint ainda não foi criada ou se precisa alterar seu valor
    if myConstraint == nil {
        myConstraint = viewA.bottomAnchor.constraint(equalTo: viewB.topAnchor, constant: -8)
        myConstraint?.isActive = true // Ativa a constraint
    }

    // Altera o valor da constraint se necessário
    myConstraint?.constant = someNewValue

    // Sempre chama o super
    super.updateConstraints()
}

Alterações também podem ser feitas imediatamente antes de chamar layoutIfNeeded(), por exemplo, em resposta a uma ação do usuário ou mudança de estado:

// Altera o valor de uma constraint existente
someConstraint.constant = newValue

// Chama layoutIfNeeded() para aplicar as mudanças imediatamente
view.layoutIfNeeded()

O importante é que as alterações nas constraints sejam concluídas antes de o Auto Layout começar a calcular os novos frames.