Como é que o código-fonte da aplicação é incluído dentro do arquivo APK?

O ficheiro APK contém o código fonte compilado da aplicação em forma de bytecode Dalvik ou ART, empacotado num ficheiro com extensão .dex (Dalvik Executable).

O processo é o seguinte:

1. O código fonte em Java ou Kotlin é compilado em bytecode Java (.class files).
2. Depois, com a ajuda da ferramenta dx ou d8, o bytecode é convertido para o formato .dex.
3. O ficheiro .dex, juntamente com os recursos, o manifesto e outros ficheiros necessários, é empacotado num arquivo APK.

Assim, dentro do APK encontra-se um ficheiro (ou vários ficheiros) com extensão .dex, que contém todo o código executável da aplicação para a máquina virtual Android.