Могу ли неки делови апликације да се не опишу у фајлу Manifest?

Да, можно.

Некоторые компоненты можно создавать динамически в коде и не регистрировать явно в AndroidManifest.xml:

• Broadcast Receivers: Могут быть зарегистрированы динамически с помощью Context.registerReceiver().
• Content Providers: Обычно регистрируются в манифесте, но в редких случаях можно создать экземпляр программно и использовать его, хотя это не стандартная практика для публичных провайдеров.
• Services: Регистрация в манифесте обязательна для привязки к жизненному циклу системы.
• Activities: Регистрация в манифесте обязательна для запуска системой.

Пример динамической регистрации Broadcast Receiver:

// Динамическая регистрация Broadcast Receiver
IntentFilter filter = new IntentFilter(ConnectivityManager.CONNECTIVITY_ACTION);
MyConnectivityReceiver receiver = new MyConnectivityReceiver();
registerReceiver(receiver, filter);

// Не забудьте отменить регистрацию, например, в OnPause() или OnDestroy()
// unregisterReceiver(receiver);