În ce etapă a operației de merge permiteți conflictul în commit?

Конфликт при выполнении операции merge в Git разрешается на этапе, когда Git не может автоматически объединить изменения из разных веток. Это происходит после команды git merge, когда Git останавливается и сообщает о конфликте. Разрешение конфликта происходит вручную — разработчик редактирует конфликтующие файлы, устраняет несоответствия, затем добавляет исправленные файлы в индекс (git add) и завершает merge коммитом (git commit).

То есть, конфликт разрешается до создания коммита, в процессе подготовки к нему. Коммит фиксирует уже разрешённые изменения.