Os recursos estarão disponíveis no catálogo de destino ao compilar o projeto com Maven?

Да, при сборке проекта с помощью Maven ресурсы из каталога src/main/resources автоматически копируются в таргетированный каталог target/classes. Это позволяет использовать их в приложении во время выполнения.

Пример структуры:

src/main/resources/config.properties

После сборки файл окажется в:

target/classes/config.properties

Таким образом, ресурсы доступны в класспате приложения.