De que forma é que uma instância de objeto atualiza o seu conjunto de dados?

Uma instância de um objeto em Java atualiza o seu conjunto de dados através dos métodos da classe, que alteram os valores dos campos (variáveis de instância). Normalmente, isso acontece através de setters ou outros métodos que alteram o estado interno do objeto. Por exemplo:

public class User {
    private String name;

    public void setName(String name) {
        this.name = name;
    }

    public String getName() {
        return name;
    }
}

User user = new User();
user.setName("Ivan"); // atualização dos dados da instância

Dessa forma, o objeto armazena seus dados em campos, e os métodos permitem modificá-los.