Onde você armazena as bibliotecas CocoaPods no seu projeto?

Normalmente, no diretório Pods, que é criado automaticamente na raiz do projeto após a primeira instalação de dependências (pod install).

Exemplo de estrutura:

YourProject/
├── YourProject.xcodeproj/
├── YourProject/
├── Podfile
├── Podfile.lock
└── Pods/  // Aqui ficam todas as bibliotecas instaladas
    ├── Headers/
    ├── Local Podspecs/
    ├── Manifest.lock
    ├── Pods.xcodeproj  // Projeto CocoaPods com todas as bibliotecas
    ├── <Library1>/
    ├── <Library2>/
    └── ...

A pasta Pods geralmente é adicionada ao .gitignore para não rastrear suas alterações no sistema de controle de versões, pois ela pode ser facilmente reproduzida com pod install.