Quais são os riscos ao usar innerHTML?

Ataques XSS (Cross-Site Scripting): Se a cadeia atribuída ao innerHTML contiver entrada do utilizador e não for devidamente saneada, um atacante pode injetar código malicioso (por exemplo, <script>) na página, que será executado no navegador de outros utilizadores.
Perda de manipuladores de eventos existentes: Atribuir um valor a innerHTML substitui todo o conteúdo do elemento, incluindo os nós DOM existentes e os manipuladores de eventos ligados a eles. Se não forem reatribuídos, a funcionalidade da página pode ser comprometida.
Problemas de desempenho: Manipular innerHTML pode ser menos eficiente do que usar métodos da API DOM (createElement, appendChild, etc.), especialmente para grandes volumes de dados. O navegador precisa de analisar a cadeia HTML e reconstruir a árvore DOM.
Tratamento incorreto de caracteres especiais: Embora os navegadores normalmente tratem corretamente caracteres especiais ao analisar HTML, ao formar manualmente a string para innerHTML, podem ocorrer erros que levam a uma exibição incorreta ou vulnerabilidades.
Carregamento de recursos externos: Injetar tags <script> ou <link> através de innerHTML pode levar ao carregamento e execução de recursos externos, aumentando o tempo de carregamento da página e podendo representar uma ameaça à segurança.
Problemas com SVG e MathML: innerHTML não é adequado para manipular SVG ou MathML dentro de HTML, pois esses espaços de nomes têm suas próprias particularidades de análise.