Os tipos com valor de referência estão sempre colocados na pilha de memória?

Não, os tipos com valor de referência (tipos de referência) em C# nem sempre são colocados na pilha de memória. Os tipos de referência geralmente são colocados no heap gerido, e na pilha apenas fica a referência ao objeto.

Por exemplo:

class MyClass { }

void Method()
{
    MyClass obj = new MyClass(); // obj é uma referência, fica na pilha
    // O próprio objeto MyClass fica no heap
}

Os tipos de valor, como as estruturas (struct), geralmente ficam na pilha se forem variáveis locais, mas podem também estar no heap se forem campos de objetos de referência.

Assim, a colocação depende do tipo e do contexto de uso, não apenas de o tipo ser de referência.