¿Es correcto que en la tabla de unión haya una clave primaria compuesta de dos campos?

Sí, en la tabla de unión generalmente se utiliza una clave primaria compuesta, que consiste en dos (o más) campos que son claves externas a las tablas relacionadas. Esta clave garantiza la unicidad de cada par de relaciones y evita duplicados.

Por ejemplo, si hay tablas Students y Courses, y la tabla de unión StudentCourses almacena qué estudiantes están inscritos en qué cursos, entonces la clave primaria en StudentCourses será compuesta por student_id y course_id.

Esta es una práctica estándar para implementar relaciones muchos a muchos en bases de datos relacionales.