¿Es posible automatizar el trabajo con ventanas emergentes en Selenium?

Sí, en Selenium se puede automatizar el trabajo con ventanas emergentes (alerta, confirmación, entrada). Para ello, se utiliza la clase Alert, que permite cambiar a la ventana emergente y interactuar con ella:

from selenium import webdriver
from selenium.webdriver.common.alert import Alert

driver = webdriver.Chrome()
driver.get('http://example.com')

# Esperar a que aparezca la alerta
alert = Alert(driver)

# Aceptar la alerta (hacer clic en OK)
alert.accept()

# O rechazar la alerta (hacer clic en Cancel)
# alert.dismiss()

# Si es un prompt, se puede ingresar texto
# alert.send_keys('texto')

Es importante cambiar a la alerta antes de interactuar, de lo contrario Selenium no podrá gestionar la ventana emergente.