¿Se pueden aplicar restricciones en Auto Layout desde hilos diferentes al principal?

Нет, вносить изменения в ограничения Auto Layout следует только из основного (главного) потока. UIKit не является потокобезопасным, и любые операции с интерфейсом, включая изменение ограничений, должны выполняться на главном потоке, чтобы избежать непредсказуемого поведения и сбоев.

Если нужно обновить ограничения из фонового потока, необходимо переключиться на главный поток, например, используя:

DispatchQueue.main.async {
    // обновление ограничений Auto Layout
}

Это гарантирует корректную работу интерфейса.