V čem spočívá rozdíl mezi přenosem dat přes odkaz a přes hodnotu, a jak to ovlivňuje změny dat uvnitř programu?

Přenesení dat hodnotou znamená, že při předání proměnné do funkce je vytvořena její kopie. Změny uvnitř funkce neovlivní originál. V PHP je to typické pro skalární typy (int, string, bool) a pole (do PHP 7 s kopírováním při zápisu).

Přenesení odkazem znamená, že do funkce je předána reference na původní data, a jakékoli změny uvnitř funkce se odrážejí na původní proměnné. V PHP se to realizuje pomocí ampersandu (&) před parametrem.

Příklad:

function addOneByValue($num) {
    $num += 1;
}

function addOneByReference(&$num) {
    $num += 1;
}

$a = 5;
addOneByValue($a); // $a zůstane 5
addOneByReference($a); // $a bude 6

Tímto způsobem umožňuje předání odkazem funkci měnit předané údaje, zatímco předání hodnotou nikoliv.