Неполные или неточные декларации типов у сторонних библиотек. Сложность написания дженериков для сложных сценариев. Более долгая компиляция на больших проектах. Иногда избыточен для простых скриптов. Необходимость синхронизировать типы при работе с API без автогенерации.