Можно ли сделать основной поток программы демоном?

Нет, нельзя. Главный поток, или поток выполнения в котором стартует метод main, всегда является пользовательским (non-daemon) потоком. Попытка сделать его демоном с помощью метода setDaemon(true) вызовет исключение IllegalThreadStateException.