Какво трябва да се направи само с A2, за да се изчистят и двата масива, като се знае, че A2 = A1 (референтен тип)?

Если A2 — это ссылка на тот же массив, что и A1 (то есть A2 = A1), то очистка одного из них очистит оба, так как они указывают на один и тот же объект.

Чтобы очистить оба массива, достаточно вызвать метод очистки на одном из них, например:

A2.length = 0; // очищает массив, на который ссылаются и A1, и A2

Или

A2.splice(0, A2.length);

Важно: нельзя просто присвоить A2 = [] — это создаст новый массив и не повлияет на A1.